L’histoire commence lorsque Cloud, mercenaire taciturne, rejoint le groupe éco-terroriste AVALANCHE basé à Midgar, une vaste cité industrielle. Le groupe se compose entre autres de Tifa, une amie d’enfance de Cloud et de Barret, leur chef. AVALANCHE lutte contre la Shinra, une multi-nationale qui produit de l’énergie Mako en prélevant l’énergie spirituelle de la Rivière de la vie des entrailles de la planète Gaïa.

AVALANCHE effectue un raid sur l’un des réacteurs Mako de la ville et le détruit, mais lors d’une seconde attaque le groupe est piégé par la Shinra. Alors que le second réacteur explose, Cloud est éjecté et chute dans les vastes bidonvilles qui composent les niveaux inférieurs de Midgar. Là, il fait la connaissance d’Aeris et accepte de la protéger des Turks, une unité spéciale de la Shinra qui a ordre de la capturer. Après l’avoir défendue de ses ravisseurs, Cloud, guidé par Aeris, tente de rejoindre AVALANCHE. Ils retrouvent Tifa au secteur 6 et apprennent que la Shinra a découvert l’emplacement de la cachette du groupe, et projette de faire s’effondrer le niveau supérieur du secteur 7 sur les habitations en contrebas en faisant croire à un attentat d’AVALANCHE.

Malgré les efforts du groupe pour les en empêcher, le secteur est détruit et une grande partie de ses habitants meurt. Par ailleurs, les Turks capturent Aeris, dont on découvre alors qu’elle est la dernière représentante de la race des Cetras, plus communément appelés les Anciens, des êtres mythiques étroitement liés à Gaïa.