Troisième voie, celle de Sakura.

Shirō Emiya se précipite chez les Matō, seulement pour y retrouver le cadavre de Shinji ; Zōken apparaît alors et se moque de Shirō pour son rôle dans la corruption de Sakura et lui envoie ses insectes avant d’être sauvé par Rider. Désormais entièrement corrompue, Sakura revient avec Saber Alter et enlève avec succès Illya afin de l’utiliser comme un réceptacle pour le Saint Graal, comme ce fut le cas pour sa mère. Désespéré d’aider sa sœur adoptive, Shirō demande à contrecœur l’aide de Kirei Kotomine.

En prenant d’assaut le château des Einzbern, Kirei s’engage contre Zōken et son Servant Assassin afin que Shirō puisse s’échapper avec Illya, mais Sakura relâche Berserker — lui aussi corrompu par l’Ombre comme Saber — pour les prendre en chasse. En l’absence d’alternative, Shirō défait le suaire sacré scellant le bras gauche transplanté d’Archer bien qu’il sache que cela finira par le tuer, réveillant la magie d’Archer et répliquant l’arme de Berserker afin de le vaincre.

Reprenant ses esprits, Berserker confie la sécurité d’Illya à Shirou avant de disparaître. Pendant ce temps, Kirei repousse Assassin assez longtemps pour purifier Zōken et détruire son corps ; durant son combat, il se souvient qu’il ne peut ressentir le bonheur que lorsque les autres souffrent, cherchant le Graal dans l’espoir d’apprendre pourquoi quelqu’un aussi « tordu » que lui existe.

Kirei croise alors Sakura et, la poussant trop loin avec ses railleries, elle détruit son cœur artificiel qui l’a maintenu en vie après la dernière guerre du Saint Graal. Bien que mortellement blessé, Kirei est épargné lorsque Sakura absorbe involontairement l’esprit de Berserker lors de sa défaite, se retirant en raison d’une immense douleur.