Troisième voie, celle de Sakura.

Malgré la perte de son Servant, Shirō a l’intention de continuer les combats. À son retour d’une réunion avec Rin, Shirō découvre que Sakura a été enlevée par Shinji, Shirō l’affronte alors et est rejoint par Rin et Archer. Sakura plaide pour que tout le monde s’arrête et Rider tient compte de son appel, révélant Sakura comme son véritable Master.

Shinji lui demande de donner le contrôle de Rider, mais face au refus de Sakura, il utilise une potion sur elle qui lui fait perdre le contrôle de son mana et s’enfuit. Archer et Rin attaquent Sakura, mais Rider la défend et commence à les pétrifier avec son regard, révélant sa véritable identité comme étant Méduse. Cependant, en voyant Shirō perdre connaissance après s’être blessé, la peine de Sakura la pousse à se blesser elle-même, forçant Rider à arrêter son pouvoir.

Shirō se réveille dans l’église de Fuyuki, où Kirei Kotomine a soigné Sakura. Il explique que le corps de Sakura est infesté par les insectes-blason de Zōken, qui se nourrissent de son mana et la rendent excitée. Alors que Rin envisage de tuer Sakura pour le danger qu’elle représente, Kotomine révèle à Shirō que les deux filles sont des sœurs biologiques, Sakura ayant été donnée à la famille Matō pour adoption. Malgré les tentatives de Sakura de le repousser pour sa propre sécurité, Shirō lui promet qu’il la protégera même au prix de ses idéaux.

Sakura retourne ensuite dans la demeure Emiya avec Rider, qui commence lentement à faire confiance à Shirō, mais elle est régulièrement excitée à cause des insectes-blason et son comportement devient imprévisible.