14 ans se sont écoulés depuis la fin du second film, Asuka est chargée, en compagnie de Mari, de récupérer le Tesseract dans lequel est scellé l’Eva 01, lorsqu’elle est interceptée par le système d’autodéfense chargé d’empêcher quiconque de récupérer l’Eva 01, et sera sauvée par celle-ci.

De retour de l’intérieur de l’Eva, Shinji se rend compte que beaucoup de choses ont changé, il est désormais considéré comme un criminel, retenu prisonnier par ses anciens amis de la Nerv qui forment désormais l’organisation Wille dont le but officieux est de détruire la Nerv et d’empêcher de nouveaux impacts.

Ne retrouvant pas Ayanami, Shinji apprend qu’elle a disparu avant d’être secouru par une nouvelle Ayanami et l’Evangelion Mark-09. De retour au QG de la Nerv, il est accueilli par son père qui lui ordonne de piloter l’Eva 13 en compagnie d’un copilote : Kaworu Nagisa. Au cours de son errance, Shinji apprendra le résultat de ses actions, la vérité sur sa mère et sur Ayanami.

C’est le moment que choisira Kaworu pour lui présenter son plan pour annuler le troisième impact, mais qui finalement mènera à la catastrophe du quatrième impact.