Le film débute avec la confrontation entre le troisième ange et Mari Illustrious Makinami pilotant l’Eva 05 dans une base de l’Antarctique. Après une lutte acharnée, l’ange et l’Eva sont détruits. De retour au Japon, l’action commence par la visite de Shinji Ikari et son père sur la tombe de Yui Ikari. Le septième Ange (créé spécialement pour le film tout comme le troisième) attaque et est facilement vaincu par l’arrivée de Asuka Langley Shikinami et de l‘Eva 02. Celle-ci emménageant plus tard chez Misato Katsuragi.

Pendant ce temps, Ryoji Kaji, présent dans la base de l’Antarctique, arrive au QG de la Nerv et remet au commandant Ikari et au vice-commandant Fuyutsuki la “clé de Nabuchodonosor”.

Pendant que les pilotes des Eva et les amis de Shinji visitent un site de préservation de la biodiversité à l’invitation de Ryoji, le commandant Ikari et le vice-commandant visitent la base lunaire Taghba où est assemblé sous les ordres directs de la Seele l’Eva 06. Le pilote de celle-ci, Kaworu Nagisa gratifie alors le commandant d’un “ravi de vous rencontrer, Père.” C’est le moment que choisit Sahaqiel pour attaquer. Celui-ci sera vaincu grâce aux trois Eva, tout comme dans la série.