You Are (Not) Alone reste quasiment identique aux 6 premiers épisodes de la série originale. Généralement les adaptations de séries TV pour le cinéma sont réalisées en agrandissant simplement l’image des pellicules originales sans les modifier, mais cela n’a pas été possible pour Evangelion à cause de problèmes de résolution d’image et de grain. A la place, il a été décidé de repartir des dessins d’animation originaux (appelés plans-clés) qui ont été redessinés, modifiés et adaptés à une résolution supérieure. Ce retour à la base a permis de mieux combiner les dessins à la main et les effets spéciaux par ordinateur.

Pour ce premier film dans la tétralogie, Hideaki Anno voulait revenir sur plusieurs éléments de la série originale qui n’avaient pas pu être réalisés. Notamment, il n’était pas satisfait de l’épisode 6, qui montrait un combat au fusil sniper contre Ramiel, un Ange de forme octaèdrale. Les limitations techniques de 1995 avaient empêché Anno de concrétiser toutes les idées qu’il avait pour ce combat, et You Are (Not) Alone lui a offert la possibilité de redessiner entièrement cette scène en repartant de zéro et en en faisant le point culminant et dramatique du film. Shinji Higuchi, chargé de la réalisation des storyboards de cette scène, a pu mettre en pratique l’expérience acquise lorsqu’il a réalisé en 2006 le film catastrophe Nihon Chinbotsu