Tokyo est détruite par une mystérieuse explosion le 6 décembre 19822, et cela déclenche la Troisième Guerre mondiale, avec la destruction de nombreuses cités par des armes nucléaires.

En 2019, Neo-Tokyo est une mégapole corrompue et sillonnée par des bandes de jeunes motards désœuvrés et drogués. Une nuit, l’un d’eux, Tetsuo, a un accident de moto en essayant d’éviter un étrange garçon qui se trouve sur son chemin. Blessé, Tetsuo est capturé par l’armée japonaise. Il est l’objet de nombreux tests dans le cadre d’un projet militaire ultra secret visant à repérer et former des êtres possédant des prédispositions à des pouvoirs psychiques (télépathie, téléportation, télékinésie, etc.). Les amis de Tetsuo, dont leur chef Kaneda, veulent savoir ce qui lui est arrivé, car quand il s’évade et se retrouve en liberté, il n’est plus le même… Tetsuo teste ses nouveaux pouvoirs et veut s’imposer comme un leader parmi les junkies, ce qui ne plaît pas à tout le monde, en particulier à Kaneda.

En parallèle se nouent des intrigues politiques : l’armée essaye par tous les moyens de continuer le projet en espérant percer le secret de la puissance d’Akira, un enfant doté de pouvoirs psychiques extraordinaires (et de la maîtriser pour s’en servir par la suite), tandis que les dirigeants politiques ne voient pas l’intérêt de continuer à allouer de l’argent à un projet de plus de 30 ans qui n’a jamais rien rapporté. Le phénomène Akira suscite également l’intérêt d’un mouvement révolutionnaire qui veut se l’approprier à des fins religieuses (Akira serait considéré comme un « sauveur » par ses fidèles). Tetsuo va se retrouver malgré lui au centre d’une lutte entre les révolutionnaires et le pouvoir en place.