Aqua errait dans le Domaine des Ténèbres depuis 10 ans, quand Riku et le roi Mickey décidèrent de se lancer à sa recherche.

Sora, Donald et Dingo, de retour à la Tour Mystérieuse, prennent leurs ordres de Yen Sid. Le sorcier explique à Sora qu’il n’avait pas réussi à maîtriser le « Pouvoir de l’éveil » (la capacité de retrouver les cœurs perdus) lors de l’examen, ce dernier aurait également perdu tous ses pouvoirs à la suite de sa perte de conscience. En voyant le jeune garçon démotivé, Yen Sid annonce à Sora que toutefois, une personne qui aurait perdu ses pouvoirs et les aurait récupérés, un vrai héros, serait capable de l’aider.

Dingo se rappelle d’une phrase que Yen Sid répétait souvent « Que votre cœur soit la clef qui vous guide », cette citation donne une idée à Sora, qui tend sa Keyblade et fait apparaître un portail. Le trio se mit en route vers le Colisée de l’Olympe, ils découvrirent le Colisée en très mauvais état.