Le jeu commence un an après les évènements du premier opus et de Chain of Memories. L’univers du jeu se compose de plusieurs niveaux, appelés « mondes », dans lesquels le joueur progresse.

Comme dans le premier jeu, Kingdom Hearts, le joueur doit traverser des lieux basés sur l’univers de Disney, et d’autres créés spécifiquement pour la série. Tandis que dans le premier jeu, les mondes sont exclusivement basés sur les classiques d’animation Disney, cet opus introduit des mondes basés sur des longs métrages en prises de vues réelles produits par les Studios Disney. L’apparence, l’histoire et les paramètres de chaque monde varient en fonction du film sur lequel il est basé. Les graphismes du monde et des personnages le peuplant tentent de se rapprocher au maximum du style de l’illustration des environnements et des personnages de leurs films respectifs.

Les mondes sont séparés les uns des autres et, sauf quelques exceptions, le joueur voyage entre eux grâce au « vaisseau Gummi ».