2358. Comme des milliers d’autres gamins, le jeune Tetsurô Hoshino tente d’échapper à la misère dans les bas-fonds de Mégalopolis et, depuis que sa mère a été tuée par le Comte Mécanique, le plus redoutable des cyborgs, lors d’une chasse aux humains, son obsession est de venger sa mort. Mais afin de châtier le meurtrier, il lui faut devenir lui-même un cyborg.

Le seul moyen d’y parvenir est d’embarquer à bord du Galaxy Express pour atteindre la planète Andromède où il pourra obtenir un corps d’androïde. Hélas, le voyage est loin d’être gratuit!

Voici cependant qu’une mystérieuse jeune femme dénommée Maetel lui offre la possibilité d’obtenir un billet gratuit à condition qu’il l’accompagne jusqu’au terminus où son objectif se concrétisera…