L’histoire prend place 10 ans avant les événements de Fate/stay night. Durant la Guerre du Saint Graal, sept grands mages (Masters) nommés par le Saint Graal vont invoquer sept esprits mythiques (Servants) afin de se livrer une lutte acharnée jusqu’à ce qu’il n’en reste qu’un. Après trois guerres infructueuses, le combat est sur le point de reprendre pour la quatrième fois, et les mages s’empressent de rejoindre Fuyuki, le champ de bataille, chacun priant pour la victoire. En effet, le Saint Graal offrira au vainqueur la possibilité d’exaucer son vœu le plus cher.

Parmi ces sept Masters, l’un d’entre eux, Kirei Kotomine, ne semble montrer aucune détermination pour acquérir ce Saint Graal, tandis qu’à l’opposé, Kiritsugu Emiya se bat de toutes ses forces pour l’obtenir. La rivalité entre ces deux hommes, ainsi que le déroulement des différentes luttes entre Masters et Servants, constitue le cœur du récit.

Lumière sera faite sur le combat qui a impliqué Kiritsugu Emiya, le père adoptif de Shirō et héros de cette histoire, Tokiomi Tohsaka, le père de Rin, et le jeune Kirei Kotomine, principal antagoniste.