Troisième voie, celle de Sakura.

Après avoir abandonné le club de kyūdō de l’école en raison d’une blessure, le mage amateur Shirō Emiya se lie d’amitié avec une autre élève, Sakura Matō, qui visite régulièrement sa demeure sous la garde de sa tutrice Taiga Fujimura. Mais une nuit alors qu’il se trouvait encore au lycée, Shirō observe un combat entre deux « Servants », Lancer et Archer, et tente de fuir avant de se faire tuer par Lancer.

Toutefois, Shirō se réveille par la suite au même endroit et décide de rentrer chez lui mais il est de nouveau attaqué par Lancer et invoque par inadvertance Saber, qui parvient à chasser l’assaillant. Saber sentant ensuite la présence d’Archer, le prend immédiatement d’assaut mais se fait arrêter par Shirō, et ils découvrent qu’Archer est au service de Rin Tōsaka, une connaissance scolaire de Shirō ; celle-ci ayant utilisé son collier pour faire revivre Shirō.

Rin emmène Shirō chez le prêtre Kirei Kotomine, où il apprend qu’il est un « Master » dans un conflit entre les mages qui se produit à Fuyuki toutes les quelques décennies, appelé la « Guerre du Saint Graal », qui est une bataille générale où tous les participants s’affrontent en même temps pour revendiquer un ancien artefact magique censé exaucer un souhait au vainqueur.

Chaque Master reçoit la responsabilité et la protection d’un Servant, qui est la matérialisation d’un « Esprit héroïque », l’âme d’une personnalité héroïque et/ou légendaire. Kiritsugu Emiya était le Master de Saber lors de la précédente guerre, et un terrible incendie a été provoqué à la fin de celle-ci, traumatisant son fils adoptif Shirō.