Caim, prince d’un royaume en guerre perpétuelle contre l’Empire, perd sa voix après avoir passé un pacte avec un dragon rouge leurs permettant à tous les deux de rester en vie. C’est afin de protéger sa sœur Furiae, Déesse à laquelle incombe la sécurité du monde et d’un des Quatre Sceaux.

L’empire, mené par l’enfant prêtresse Manah, entreprend de rompre l’équilibre et détruire le monde. Caim, sa sœur et son ami Inuart partent alors protéger le monde du dangereux Empire.

Ils rencontreront différentes figures au cour de leur voyage et affronteront à plusieurs reprise l’Empire et verront leurs compagnon changer, remettre en question leurs idéaux et objectifs et leurs chemins se séparer.

Derrière son apparence assez classique, Drakengard prend la quête type du RPG japonais afin de mieux la broyer et explorer des thématiques généralement laissées de côté.