L’histoire prend place au centre d’une ville étudiante appelé la Cité Académique au Japon. C’est dans ce lieu de la science et de la recherche qu’un complot émerge opposant modernité scientifique et tradition magique. Dans ce monde ultra hiérarchisé, gouverné par la technologie ainsi que par les capacités surnaturelles de ses habitants, les inégalités et discriminations font partie du quotidien d’une partie de la population. Véritable paradis pour certains, terrible enfer pour d’autres, la Cité Académique n’en reste pas moins une ville aux multiples facettes qui s’est attiré les foudres de l’Église. Cette dernière maîtrise l’art de la magie et souhaite renverser l’ordre établi.

Tôma Kamijô possède la capacité d’annuler tout pouvoir surnaturel, appelé l’« Imagine Breaker », rien qu’en le touchant avec sa main droite. Il va faire la rencontre d’une nonne de l’Église anglicane, Index, qui est poursuivie par l’organisation de la Kaballe parce qu’elle possède dans sa mémoire la connaissance des 103 000 volumes de magie interdite. Index sera aidée par Tôma pour survivre et livrer son savoir à l’Église.