Kingdom Hearts débute sur l’Île du Destin où Sora, Riku et Kairi habitent. Les trois amis veulent quitter l’île pour explorer de nouveaux mondes et ont préparé un radeau à cet effet. Un soir, l’île est attaquée par d’obscures créatures, les Sans-cœur. Sora, cherchant ses amis, retrouve Riku qui disparaît dans un portail sombre. Au même moment, Sora obtient la Keyblade, une arme efficace contre les Sans-cœur. Toutefois, l’île est détruite et Sora dérive dans l’espace. Pendant ce temps, le roi Mickey quitte son propre monde pour faire face à l’augmentation du nombre de Sans-cœur en laissant des instructions pour Donald et Dingo leur demandant de trouver la « clé » qui permettra de protéger les mondes des ténèbres.

Donald et Dingo empruntent alors le vaisseau Gummi afin de rejoindre la ville de Traverse dans laquelle Sora a atterri. Sora y rencontre Léon qui lui explique que les Sans-cœur sont en train de consommer les cœurs et que la Keyblade est la seule arme capable de les battre . Il est dit d’un homme nommé Ansem qu’il a étudié les Sans-cœur. Sora rencontre alors Donald et Dingo et les trois décident de voyager ensemble. Donald et Dingo veulent retrouver le roi Mickey et Sora, Riku et Kairi.

Les trois traversent différents mondes basés sur les films Disney, remarquant que la Keyblade permet également de verrouiller des serrures, passages vers le « cœur » d’un monde, qui, une fois scellé, l’empêche d’être consommé par les Sans-cœur.