L’histoire de Final Fantasy VIII s’ouvre sur un duel entre Squall Leonhart et son rival Seifer Almasy, lors d’une séance d’entraînement à l’extérieur d’une académie militaire appelée « Garden ». Durant le combat, les deux étudiants se blessent le visage l’un de l’autre et rentrent au Garden pour se faire soigner.

Squall doit alors passer la première épreuve pour devenir SeeD : vaincre Ifrit, une Guardian Force habitant dans la Mine de soufre à proximité de l’université. Pendant ce temps-là, Galbadia, présidé par Winzer Deling, envahit Dollet, forçant la ville à engager le SeeD de la Balamb Garden University (aussi appelée B.G.U.) — les forces d’élite du Garden — comme aide. Le SeeD utilise cette mission comme examen pour leurs étudiants éligibles et, avec l’aide de son instructeur Quistis Trepe, Squall passe sa seconde épreuve.

Alors que le SeeD se prépare pour l’assaut, Squall est assigné à une équipe d’attaque avec Zell Dincht et Seifer. À Dollet, Seifer abandonne l’équipe à mi-chemin, obligeant Selphie Tilmitt, une étudiante du Garden de Trabia aspirant à devenir une Seed, à rejoindre Squall et Zell pour la fin de la mission et découvre l’objectif de Galbadia : réactiver une tour parabole.